近年來新興的第三代測序技術(shù)（如Pacific Biosciences和Oxford Nanopore）能夠產(chǎn)生出幾Kbp甚至幾十Kbp的長序列片段，因而使得從頭測序（de novo sequencing）逐漸取代重測序（resequencing）成為病原菌基因組學(xué)研究的重要技術(shù)。由此產(chǎn)生的大量病原菌完整基因組序列，促使研究人員對病原菌毒力因子的快速準確的數(shù)據(jù)分析產(chǎn)生了迫切的需求。病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫（簡稱VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由我所重點實驗室2004年建立并長期維護，經(jīng)過十多年的持續(xù)升級和更新已經(jīng)發(fā)展成為國際上最大的病原菌毒力因子資源中心，被國內(nèi)外同行廣泛使用。在此基礎(chǔ)上，楊劍課題組的博士研究生劉博等自主設(shè)計開發(fā)了全新的病原菌毒力因子在線分析系統(tǒng)VFanalyzer。該系統(tǒng)首先通過直系同源蛋白（orthologs）的識別避免了由旁系同源（paralogs）帶來的假陽性。然后利用VFDB的分層數(shù)據(jù)集進行循環(huán)迭代式的相似性檢索，從而顯著提高了毒力因子識別的靈敏度和特異性。最后，還設(shè)計開發(fā)了基于基因簇位置信息的毒力因子識別優(yōu)化算法，使得自動分析系統(tǒng)VFanalyzer達到了毒力因子識別準確率接近人工分析的水平。該分析系統(tǒng)一經(jīng)推出，立刻受到了國內(nèi)外相關(guān)領(lǐng)域研究人員的廣泛關(guān)注。截至目前，系統(tǒng)在線運行不到四個月，已經(jīng)完成了來自全球的超過一千株病原菌基因組的毒力因子分析任務(wù)。近日，VFanalyzer相關(guān)研究論文在線發(fā)表于生物信息學(xué)領(lǐng)域國際著名期刊《Nucleic Acids Research》2019年數(shù)據(jù)庫?？?。