新發(fā)傳染病往往對人類健康、社會穩(wěn)定和經(jīng)濟(jì)發(fā)展帶來巨大沖擊，因此其防控一直受到政府和全社會的高度重視。據(jù)統(tǒng)計，引起全球人類新發(fā)傳染病疫情的病原體70%以上來自野生動物源性病原體的跨種感染。然而由于以往我們對野生動物病原體的背景及特征缺乏系統(tǒng)性的研究，當(dāng)面對新發(fā)傳染病暴發(fā)時，嚴(yán)重制約了診斷、溯源、防治并采取及時有效的防控措施。因此，闡明與人類新發(fā)傳染病關(guān)聯(lián)性密切的野生動物病毒組特征，并以此為基礎(chǔ)建立新發(fā)傳染病監(jiān)測、預(yù)警、診治和溯源等防控體系，實現(xiàn)新發(fā)傳染病防控由被動應(yīng)對轉(zhuǎn)向主動防控已成為全球傳染病防控和科學(xué)工作者的共識。2017年底《科學(xué)》雜志發(fā)表文章全面闡述了開展全球野生動物病毒組研究的意義。

翼手目動物（蝙蝠）和嚙齒目動物（鼠類）數(shù)量多、分布廣，是引發(fā)動物源性人類新發(fā)傳染病的兩大類最主要的哺乳類野生動物。金奇課題組的吳志強(qiáng)副研究員等繼2016年在《ISME Journal》等雜志發(fā)表系列文章初步揭示了全國范圍內(nèi)代表性蝙蝠呼吸道/消化道病毒組特征后，接續(xù)與國家疾病預(yù)防控制中心等國內(nèi)外單位合作共同開展了中國境內(nèi)嚙齒目動物攜帶病毒組特征的研究工作，通過對覆蓋中國20個省市自治區(qū)和直轄市55個種共計3055只嚙齒動物等小動物樣本的病毒篩查分析，利用得到的65.6GB的測序數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)我國嚙齒目動物的病毒涉及70個病毒科（包含23個哺乳動物病毒科），鑒定獲得了超過600個新的型/亞型病毒，可分類為203個新的病毒種。其中一些重要病毒如漢坦病毒、砂粒病毒、冠狀病毒和動脈炎病毒等基因組結(jié)構(gòu)、分布地域和宿主等特征。

上述研究為國際上首次大范圍、多鼠種、全病毒組的研究，該類數(shù)據(jù)和特征體系的構(gòu)建不僅有助于全面了解動物病毒生態(tài)的多樣性，而且為構(gòu)建動物源性傳染病預(yù)警、溯源診治體系提供了重要基礎(chǔ)，為提升我國新發(fā)突發(fā)傳染病防控能力提供了技術(shù)支撐。此外，該項工作也為我所重大突發(fā)公共衛(wèi)生事件等科技支撐能力建設(shè)等提供了保障。