毒力因子是病原菌所編碼的能夠促使其在宿主環(huán)境中定植、繁殖和致病的基因產(chǎn)物的統(tǒng)稱。病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫（簡稱VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由我所楊劍課題組建立并長期維護，經(jīng)過十多年的持續(xù)升級和更新已經(jīng)發(fā)展成為國際上最大的病原菌毒力因子數(shù)據(jù)資源中心，被國內(nèi)外同行廣泛使用。

近年來基于宏基因組技術(shù)的微生物組研究逐步成為微生物學(xué)的前沿?zé)狳c之一，而微生物組大數(shù)據(jù)包含了大量來自不同種屬細菌的基因組數(shù)據(jù)。由于傳統(tǒng)的細菌學(xué)家通常只專注于一種或幾種相關(guān)種屬的細菌的致病機制研究，當(dāng)前VFDB數(shù)據(jù)庫中來自不同種屬的細菌毒力因子的命名和分類雖然存在一定關(guān)聯(lián)性，但缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)，因而難以應(yīng)用于微生物組等跨種屬的數(shù)據(jù)挖掘。為此，楊劍課題組的劉博和鄭丹丹等在前期工作基礎(chǔ)上，基于文獻信息挖掘和數(shù)據(jù)整合分析，在VFDB數(shù)據(jù)庫平臺上首次建立了病原菌毒力因子通用分類體系VFcategory。該分類系統(tǒng)目前包含14個基礎(chǔ)分類，并可以進一步細分為100多個子類，從而涵蓋VFDB數(shù)據(jù)庫中收錄的32個屬百余種重要人類致病菌的所有已知毒力因子。同時，還設(shè)計開發(fā)了更加簡潔易用的數(shù)據(jù)庫平臺界面，方便全球用戶訪問和使用。

該研究建立的病原菌毒力因子通用分類體系，不僅為針對微生物組大數(shù)據(jù)的毒力因子分析開辟了道路，而且為進一步開展跨種屬的毒力因子數(shù)據(jù)挖掘奠定了基礎(chǔ)。近日，相關(guān)研究成果發(fā)表于《Nucleic Acids Research》雜志，我所劉博和鄭丹丹兩位博士為論文共同第一作者，楊劍研究員和陳立宏副研究員為論文共同通訊作者。該研究獲得了國家自然科學(xué)基金和中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程等項目資助。