全球新發(fā)突發(fā)病毒性傳染病不斷涌現(xiàn)，嚴重威脅人類健康、經(jīng)濟發(fā)展、社會穩(wěn)定和國家安全。快速準確地篩查確證引發(fā)疫情的病毒，是病毒性傳染病疫情應(yīng)急處置及綜合防控鏈條中的關(guān)鍵所在。然而由于病毒種類多、差別大、變異快及動物來源新病毒跨種傳播等原因，使新發(fā)病毒的快速檢測成為全球性難題。

近年來新興的宏基因組學技術(shù)可以在一次實驗中獲得檢測樣本內(nèi)所有生物基因組的序列片段，具有所需樣本量少、通量高、靈敏度高及時間短等特點，為解決新發(fā)病毒的高通量快速組合檢測難題開辟了新的路徑。因此，宏基因組技術(shù)用于病毒檢測的方法學研究成為了近十年來國際傳染病研究領(lǐng)域的焦點之一。但是國際上早期的探索大部分采用了以羅氏454為代表的長序列片段測序技術(shù)作為宏基因組研究的基礎(chǔ)，存在測序深度不足而導致檢測靈敏度不夠等缺陷。我所科研人員準確把握了測序技術(shù)的發(fā)展前沿趨勢，自2008年起在國際上率先嘗試利用以Illumina 為代表的短序列片段深度測序技術(shù)，開展基于宏基因組的臨床樣本病毒組合篩查的方法學探索。先后破解了適用于不同臨床樣本的病毒分離、富集和擴增關(guān)鍵技術(shù)，突破了大數(shù)據(jù)挖掘關(guān)鍵技術(shù)，首創(chuàng)了宏基因組數(shù)據(jù)歸一化和病毒信號識別量化指標，成功通過對呼吸道病毒組的系統(tǒng)分析，實現(xiàn)了臨床樣本的宏基因組學高通量病毒檢測。2011年發(fā)表的相關(guān)研究論文，被《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》雜志（俗稱Blue journal）的綜述文章引證為“最早利用測序技術(shù)分析呼吸道病毒組的研究工作之一”，并且被《Nature Biotechnology》雜志2012年首篇相關(guān)綜述文章列舉為了成功利用高通量測序技術(shù)進行臨床診斷的唯一范例。

近期，我所申請的“基于宏基因組學的病毒感染檢測及鑒定方法”發(fā)明專利獲得正式授權(quán)，為我所建立基于宏基因組學的新型病原體組合篩查鑒定實用技術(shù)體系奠定了堅實的基礎(chǔ)。