2003年，重癥急性呼吸綜合征冠狀病毒（Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus，SARS-CoV）在我國出現(xiàn)并引起全球多個(gè)國家和地區(qū)的暴發(fā)流行，全球報(bào)道超過八千例感染病例，774人死亡。在過去的十幾年里，圍繞著這個(gè)病毒從何而來，是通過何種渠道感染人類這兩個(gè)問題，國內(nèi)外的病毒學(xué)家做了大量的研究工作。我國和國外研究者合作從分布于我國南方的中華菊頭蝠體內(nèi)鑒定得到了多株類SARS冠狀病毒（SARS Like-CoV，SL-CoV），其基因組與人SARS-CoV有較高的（最高可達(dá)95%）同源性，故而推測人SARS-CoV很可能起源于中華菊頭蝠攜帶的蝙蝠冠狀病毒。但在對以往分離的大量蝙蝠ß冠狀病毒的研究發(fā)現(xiàn)，雖然SL-CoV與SARS-CoV的大部分基因序列同源性較高，但依然存在兩個(gè)gaps，即兩種冠狀病毒基因組中的Spike （S）和ORF8存在極大的差異。其中ORF8編碼區(qū)序列是迄今為止所發(fā)現(xiàn)的各種物種冠狀病毒中唯有蝙蝠冠狀ß病毒所特有的。特別是該ORF編碼區(qū)在SARS病毒初期感染者分離株中是完整的，但是在SARS病毒中、后期感染者分離株中全部發(fā)生了缺失變異。因此ORF8成為確定SARS-CoV在蝙蝠中的起源重要標(biāo)志之一。

金奇課題組通過對本課題組前期覆蓋我國40個(gè)蝠種和部分果子貍的病毒組數(shù)據(jù)（Wu ZQ et al, ISME J.2016）的深入分析，首次系統(tǒng)性地對我國蝙蝠所攜帶ß冠狀病毒的基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行研究，以期獲得SARS病毒溯源的新線索。研究結(jié)果顯示：各種蝙蝠所攜帶的SL-CoV的ORF8編碼區(qū)域序列差異較大，可分為三種類型。分布于我國南方地區(qū)極個(gè)別中華菊頭蝠所攜帶的SL-CoV不僅在基因骨架序列與SARS病毒達(dá)到96%的同源，而且其ORF8編碼區(qū)序列與SARS-CoV初期感染者中分離到的SARS毒株序列同源性為99%。上述結(jié)果為SARS-CoV在蝙蝠中的溯源提供了新的強(qiáng)有力的證據(jù)。同時(shí)，相對于其他蝠種，中華菊頭蝠所攜帶的SL-CoV的S基因的序列表現(xiàn)出極大的多樣性，這也為SL-CoV在中華菊頭蝠中通過頻繁重組獲得與人SARS-CoV相同的S基因進(jìn)而獲得感染人的能力提供了基礎(chǔ)。此外，針對國內(nèi)多個(gè)地區(qū)野生和養(yǎng)殖果子貍的病毒組分析沒有發(fā)現(xiàn)該物種中存在任何種類的冠狀病毒，進(jìn)一步提示果子貍并不是SARS-CoV的自然宿主。這些研究發(fā)現(xiàn)為SARS-CoV的溯源提供了新的證據(jù)與線索。