毒力因子是病原菌所編碼的能夠促使其在宿主環(huán)境中定植、繁殖和致病的基因產(chǎn)物的統(tǒng)稱。病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫（簡稱VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由我所楊劍課題組建立并長期維護，經(jīng)過十多年的持續(xù)升級和更新已經(jīng)發(fā)展成為國際上最大的病原菌毒力因子數(shù)據(jù)資源中心，被國內(nèi)外同行廣泛使用。

近年來基于宏基因組技術的微生物組研究逐步成為微生物學的前沿熱點之一，而微生物組大數(shù)據(jù)包含了大量來自不同種屬細菌的基因組數(shù)據(jù)。由于傳統(tǒng)的細菌學家通常只專注于一種或幾種相關種屬的細菌的致病機制研究，當前VFDB數(shù)據(jù)庫中來自不同種屬的細菌毒力因子的命名和分類雖然存在一定關聯(lián)性，但缺乏統(tǒng)一的標準，因而難以應用于微生物組等跨種屬的數(shù)據(jù)挖掘。為此，楊劍課題組的劉博和鄭丹丹等在前期工作基礎上，基于文獻信息挖掘和數(shù)據(jù)整合分析，在VFDB數(shù)據(jù)庫平臺上首次建立了病原菌毒力因子通用分類體系VFcategory。該分類系統(tǒng)目前包含14個基礎分類，并可以進一步細分為100多個子類，從而涵蓋VFDB數(shù)據(jù)庫中收錄的32個屬百余種重要人類致病菌的所有已知毒力因子。同時，還設計開發(fā)了更加簡潔易用的數(shù)據(jù)庫平臺界面，方便全球用戶訪問和使用。

該研究建立的病原菌毒力因子通用分類體系，不僅為針對微生物組大數(shù)據(jù)的毒力因子分析開辟了道路，而且為進一步開展跨種屬的毒力因子數(shù)據(jù)挖掘奠定了基礎。近日，相關研究成果發(fā)表于《Nucleic Acids Research》雜志，我所劉博和鄭丹丹兩位博士為論文共同第一作者，楊劍研究員和陳立宏副研究員為論文共同通訊作者。該研究獲得了國家自然科學基金和中國醫(yī)學科學院醫(yī)學與健康科技創(chuàng)新工程等項目資助。