機(jī)構(gòu)概況
楊劍課題組
各實(shí)驗(yàn)室介紹
楊劍課題組是目前中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所唯一專(zhuān)門(mén)從事生物信息學(xué)相關(guān)研究的團(tuán)隊(duì)。課題組包括由研究員、副研究員、助理研究員和博士后等多人組成的核心科研團(tuán)隊(duì)，專(zhuān)業(yè)涉及醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、物理學(xué)、計(jì)算科學(xué)和生物醫(yī)學(xué)工程等多學(xué)科背景，注重學(xué)科交叉融合特色發(fā)展。近年來(lái)，課題組兼顧病原生物學(xué)基礎(chǔ)研究和傳染病防控重點(diǎn)需求。一方面，課題組通過(guò)大數(shù)據(jù)整合與挖掘、設(shè)計(jì)通用分類(lèi)方案、開(kāi)發(fā)在線識(shí)別系統(tǒng)和卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型等，成功建立國(guó)際上最大的病原細(xì)菌毒力因子數(shù)據(jù)平臺(tái)VFDB，并先后揭示了細(xì)胞外可伸縮注射系統(tǒng)和毒素復(fù)合體等多種毒力因子的遺傳多樣性和結(jié)核分枝桿菌的耐藥性特征，通過(guò)生物信息學(xué)探索推動(dòng)了相關(guān)病原菌的致病和耐藥機(jī)制研究；另外一方面，課題組面向新發(fā)傳染病防控重大需求，在國(guó)際上最早探索基于宏基因組的病原體高通量篩查數(shù)據(jù)挖掘新方法，并建立了全球首個(gè)重要疫源生物相關(guān)病毒數(shù)據(jù)平臺(tái)ZOVER，參與近年來(lái)的多次重大疫情相關(guān)病原體鑒定和數(shù)據(jù)分析，為我國(guó)新發(fā)傳染病疫情防控能力提升貢獻(xiàn)了力量。課題組近五年培養(yǎng)博士研究生5名，均按期畢業(yè)，其中1人次獲得國(guó)家獎(jiǎng)學(xué)金、1人次入選北京市優(yōu)秀畢業(yè)生、3人次入選北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院優(yōu)秀畢業(yè)生。